Hovedbygningen på Quistrup rummer i sine centrale dele resterne af et renæssancehus fra 1637 med tårn og spir. I midterbygningen er bevaret fine udskårne rokokopaneler og -døre.

Hovedbygningen menes at have fået sin nuværende skikkelse i midten af 1800-tallet, hvor en del af to lange sidefløje i bindingsværk blev nedrevet, midterbygningens ene stokværk blev fjernet og tårn og spir mod øst blev nedtaget. Formentlig er det også på dette tidspunkt, at hovedbygningens tag i stedet for tegl blev beklædt med skiffer.

Omkring døren til parken mod nord, er hovedbygningen forsynet med en stor sandstensportal, som formentlig er opsat af slægten Juul. Sandstensportalen blev efter en lang og vanskelig myndighedsproces genskabt i 1990-erne efter, at den igennem en lang række år var blevet stærkt nedbrudt af vejr og vind.